Fue parte de la comisión, en calidad de edecán, que partió de la Asunción el 27 de setiembre de 1859 con destino a Paraná que logró la firma del “Pacto de San José de Flores”.
En 1864 pertenecía al Estado Mayor del Ejército Paraguayo.
Partió hacia Río Grande do Sul, el 5 de mayo de 1865, con unos 12.000 soldados con la intención de atacar la fuerza brasileña en la Banda Oriental y acabar con ella. Al tomar Santo Tomé divide sus fuerzas en dos columnas, con una cruza el Rio Uruguay y toma Uruguayana, el 5 de agosto, en tanto la segunda columna, al mando del Sargento Mayor Pedro Duarte, ocupaba Paso de los Libres del lado correntino.
El 17 de agosto de 1865 fueron atacados los hombres de la columna que tomo el lado correntino. Duarte había pedido con antelación refuerzos. Estigarribia respondió con lo siguiente: “Dígale al mayor Duarte que si está con el ánimo caído venga a hacerse cargo de la fuerza de Uruguayana, que yo iré a librar la batalla”.
Observó la batalla sin ayudar a Duarte, y se retiró sin dar orden alguna.
El 18 de septiembre, mientras el ejército aliado tomaba posiciones para un asalto a Uruguayana, el Marques de Souza le envió una intimación final que fue aceptada por Estigarribia con la condición que los mandos superiores pudieran volver a Paraguay o retirarse a donde desearan, en tanto que los orientales que formaban sus filas no fueran entregados a Flores. Las negociaciones previas a esta humillante rendición se hicieron a instancias de la Legión Paraguaya.
Muchos de aquellos soldados prisioneros fueron convertidos en cuasi esclavos en Brasil o incorporados a los ejércitos argentinos y uruguayos. Paraguay perdió 5.500 hombres. Estigarribia permaneció en Rio de Janeiro, y no se supo mas nada de él hasta que escribió una nota a Pedro II pidiéndole que le permita pelear contra López. En la colección Rio Branco se encuentra catalogada su causa de muerte, sin embargo, el documento no se halla.
