La Biblioteca Nacional del Paraguay para el mejor cumplimiento de sus funciones está organizada en 4 Departamentos y 2 Áreas técnicas:

Dirección

Lic. Wilma Garcete, Directora

Asesoras

- Lic. Zayda Caballero
- Lic. Beatriz de Bossio

Secretaria

Gloria Inés Astigarraga

Departamento de Procesos Técnicos

- Petrona Alvarenga Godoy - Jefa
- Edith Ayala
- Patricia Riveros
- Teódulo S. Vargas

Departamento de Atención a usuarios

- Alicia Mendieta - Jefa
- Carlos F. Rojas C
- José Luis Solís Velázquez
- Gladys Giménez de Fleitas
- Marta Rojas
- Sandra Fiorotto
- Catalina Centurion

Departamento de Hemeroteca

- Stella Mary Stete Ghiringhelli - Jefa
- Jorge Candia
- Blas Díaz Cabrera
- Olga Garcete

Departamento de Conservación y Digitalización

- Ulises Sotelo - Jefe
- Agustina Franco
- Carolina Garcete
- Teodora Garcete
- Diego Ortiz

Área de Gestión de Bibliotecas Públicas

- Octavia Ocampo de Vera. Jefa

Agencia ISBN

- Javier N. Ortiz, Jefe
-María Concepción González C.
-Carmen Baranda
-Willian Fleitas