La Biblioteca Nacional del Paraguay para el mejor cumplimiento de sus funciones está organizada en 4 Departamentos y 2 Áreas técnicas:

Dirección

Director Lic. Javier Ortíz

Secretaría

Gloria Inés Astigarraga

Departamento de Procesos Técnicos

- Petrona Alvarenga Godoy - Jefa
- Sandra Fiorotto
- Gladys Giménez de Fleitas
- Jacinta

Departamento de Atención a usuarios

- Patricia Riveros - Jefa
- Edith Ayala

Departamento de Hemeroteca

- José Solis - Jefe
- Jorge Candia
- Osvaldo Fleitas
- Olga Garcete
- Jorge Noguera

Departamento de Conservación, Restauración y Digitalización

- Mabel Domínguez  - Jefa
- Agustina Franco
- Anahí Rojas

Área de Gestión de Bibliotecas Públicas

- Octavia Ocampo de Vera - Jefa

Agencia ISBN

- Willian Fleitas - Jefe
- Carlos F. Rojas C
- Lea Rodas