La Biblioteca Nacional del Paraguay para el mejor cumplimiento de sus funciones está organizada en 4 Departamentos y 2 Áreas técnicas:

Dirección

Lic. Rubén Capdevila, Director

Asesoras

- Lic. Zayda Caballero
- Lic. Beatriz de Bossio

Secretaria

Gloria Inés Astigarraga

Departamento de Procesos Técnicos

- Petrona Alvarenga Godoy - Jefa
- Edith Ayala
- Patricia Riveros
- Teódulo S. Vargas
- Zulema Ayala de Tamis

Departamento de Atención a usuarios

- Alicia Mendieta - Jefa
- Alexis Hernán Benítez
- Carlos F. Rojas C
- José Luis Solís Velázquez
- William Fleitas
- Gladys Giménez de Fleitas
- Marta Rojas

Departamento de Hemeroteca

- Stella Mary Stete Ghiringhelli - Jefa
- Sara González
- Blas Díaz Cabrera
- William Argaña

Departamento de Conservación, Restauración y digitalización

- Catalina Centurión Ledesma - Jefa
- Agustina Franco
- Ulises Sotelo
- Teodora Garcete

Área de Gestión de Bibliotecas Públicas

- Octavia Ocampo de Vera. Jefa interina
- María Concepción González.
- Roció Mónges.

Agencia ISBN

- Javier N. Ortiz
- Sandra Fiorotto