Fué en 1887 que los senadores Bernardino Caballero, José Segundo Decoud y Rosendo Carísimo presentaron el proyecto original de ley, el cual entró a la Cámara de Senadores el 1º de agosto. Unas semanas después, ambas Cámaras sancionaron la ley por la cual se creó en la ciudad de Asunción, la Biblioteca y Museo Nacionales. Por la misma ley se estableció que el Poder Ejecutivo debía crear una comisión, integrada al menos por cinco miembros, a cuyo cargo quedarían el fomento y la inspección de la Biblioteca y Museo, así como la inversión de los fondos que se destinaran para tal fin.
La ley dispuso, además, solicitar al Congreso proveer los fondos necesarios para el sostenimento de la Biblioteca y Museo Nacionales. El 21 de septiembre de 1887, el Presidente del Paraguay, General Patricio Escobar, promulgó la ley de instalación del importante establecimiento público de cultura. El presidente también estableció la comisión, que quedó formada por las siguientes personas: doctores Benjamín Aceval y Ramón Zubizarreta, y los señores José N. González, Ricardo Brugada y Alejandro Audibert.
En los primeros años de la Biblioteca y Museo Nacionales, el Vicepresidente –que ejercía la presidencia de la Municipalidad de Asunción- solicitó al gobierno que tanto la biblioteca pública como el plantel del Museo a cargo de esa corporación fuesen transferidos a la Biblioteca y Museo Nacionales, alegando la dificultad de contar con un nuevo edificio con la capacidad suficiente para instalar sus colecciones de impresos y el plantel del Museo anexo De acuerdo con el pedido de la Municipalidad, el presidente de la República, Juan G. González, dictó un decreto por el cual estableció que la comisión de la Biblioteca y Museo Nacionales se hiciesen cargo, bajo inventario, de los libros, enseres y fondos pertenecientes a la Biblioteca y plantel del Museo anexo.
Mediante dicha incorporación, se incrementaron los bienes de los incipientes Biblioteca y Museo Nacionales. Ante la renuncia de Alejandro Audibert y la cesante de Benjamín Aceval, ambos miembros de la comisión de la Biblioteca y Museo Nacionales, el gobierno designó como nuevos miembros a Emilio Aceval, Inocencio Franco y Salvador Herreros. Arsenio López Decoud, designado en marzo de 1891 como “encargado de la Biblioteca Nacional”, fue de hecho el director, y tuvo como auxiliar a Antonio Franco.
Creada la Intendencia Municipal de Asunción el 7 de mayo de 1891, Arsenio López Decoud –encargado por ese entonces de la Biblioteca Nacional-pasó a ocupar el cargo de secretario de la nueva corporación y se designó como nuevo encargado a Miguel Gill. Al ser presidente de la República Emilio Aceval, hizo sentir la imperiosa necesidad de “la creación del cargo de director general de la Biblioteca y Museo Nacionales, bajo la dependencia inmediata del Ministerio de Instrucción Pública”, en vista de contar ya con local propio y “estar a la altura que sus fines reclaman”.
En ese momento ocupaba la cartera ministerial el doctor José A. Caminos. Quedó así creado, por ley de la nación, el cargo de director, como también el de secretario y el de escribiente, con la asignación mensual de 500,300 y 100 pesos, respectivamente. Pocos días después, se suprimía el cargo de escribiente, y se creaba el de auxiliar. Por decreto del presidente de la República, fue nombrado Antonio Franco como director de la Biblioteca Nacional, siendo, por consiguiente, el primer director de esa institución. Fueron designados como secretario y escribiente Daniel Jiménez Espinoza y Vicente Álvarez, respectivamente. Inicialmente, el local ocupado por la Biblioteca y Museo Nacionales estuvo ubicado en la calle Libertad, hoy Presidente Eligio Ayala. Señalaba el primer mandatario de la República, Juan B. Eguzquiza, en mensaje al Honorable Congreso de la Nación(1898), que “la Biblioteca iba alcanzando mayor crecimiento e importancia con las adquisiciones y donaciones de muchas obras interesantes y valiosas…., pero la falta de un local más amplio, propio y adecuado, ha sido una de las causas que se han opuesto a su mayor desarrollo e incremento” Dos años después, el presidente Emilio Aceval comunicaba al Honorable Congreso de la Nación que, efectivamente, la Biblioteca Nacional había sido dotada “de un excelente edificio, donde se halla instalada desde el año pasado y pronto estarían terminadas las estanterías para la colocación de los libros”.
Terminado el ordenamiento de libros, la Biblioteca fue reabierta con el horario de atención al público de mañana, tarde y noche. Así constituida, iba poco a poco incrementando su colección con algunas adquisiciones de importantes obras y suscripciones a numerosas revistas nacionales y extranjeras. En 1903, el gobierno de Juan Antonio Escurra dispuso llevar a cabo la unión de la Biblioteca y Museo Nacionales con el Archivo Nacional, bajo una misma dirección. Fueron designados: director general, Juan Silvano Godoy; jefe de la Sección Biblioteca y Museo, Antonio Franco; jefe de la Sección Archivo, Silvano Mosqueira; y, como auxiliar, José D. Bareiro. En su mensaje de 1904, el presidente Escurra informaba que habían sido incorporadas a la Biblioteca 341 nuevas publicaciones que se sumaban a los 4 514 volúmenes ya existentes. De esta época data un catálogo impreso alfabético de autores, que se supone fue preparado por Viriato Díaz Pérez. Para 1907, la Biblioteca Nacional ya contaba con 6 000 volúmenes e importantes colecciones de periódicos y revistas. El entonces presidente de la República, Benigno Ferreira, sugirió la conveniencia de dotarla de un local aún más amplio para mejorar la atención al público y tener una organización más adecuada. Por esos años, en ocasión de las guerras civiles desatadas en el Paraguay, la Biblioteca Nacional sufrió serios daños en toda su estructura, sin contar los estragos naturales causados por el tiempo, y del abandono del edificio, unidos al poco celo en la conservación de sus colecciones, se tradujeron en la disminución del número de ellas. Desde 1959, la Biblioteca Nacional funciona en su sede actual, ubicada sobre la calle De la Residenta número 820, casi con Perú. Por Decreto del 29 de abril de 1990, se creó la Subsecretaría de Estado de Cultura, dependiente del Ministerio de Educación y Culto.
En 1991, y con el fin de implementar una política cultural coherente con la nueva etapa de transición democrática, la Subsecretaría reestructuró su cuadro administrativo, enfocando su gestión hacia áreas específicas. Fue así que desapareció la Dirección General de Archivos, Bibliotecas y Museos de la Nación, y en febrero de 1991, el Archivo, la Biblioteca y el Museo Nacionales se constituyeron en instituciones separadas, subordinadas directamente a la Subsecretaría de Cultura (hoy Secretaría) En junio de 1991 se trasladó la Oficina del Registro Público de Derecho Intelectual al edificio de la Biblioteca Nacional.
Este hecho, muy auspicioso, hizo posible la incorporación de más obras contemporáneas, tanto de libros como de otro tipo de impresos.
Desde el año 2006, con la creación de la Secretaría Nacional de Cultura por Ley 3051/06, la Biblioteca Nacional pasa de a depender de esta institución, manteniéndose dentro de la Dirección General de Archivos Bibliotecas y Museos.
Entre los años 2009 y 2012, durante el gobierno de Don Fernando Lugo, siendo Ministro de Cultura el Dr. Ticio Escobar y Directora la señora Zayda Caballero la Biblioteca Nacional se ha modernizado en cuanto a su estructura y funcionamiento. Este proyecto de modernización ha recibido el importante impulso del entonces Director General de Archivos, Bibliotecas y Museos Arq. Carlos Colombino.
En la actualidad la Biblioteca Nacional es una Dirección que depende de la Dirección General de Bienes y Servicios Culturales.
