Varias fueron las colecciones que se incorporaron a la Biblioteca Nacional, aumentando su caudal bibliográfico.
Una vez reparado y refaccionado el edifico, y reubicadas las colecciones, se agregó a ellas la Biblioteca Paraguaya de Enrique Solano López, la cual fue adquirida por el Estado mediante decreto del entonces presidente, Eduardo Schaerer, por la suma de 300.000 pesos fuertes. La colección de esta biblioteca, de aproximadamente 3.000 volúmenes, entre libros, folletos y publicaciones periódicas, constituye el conjunto bibliográfico más valioso de obras paraguayas que posee la Biblioteca Nacional. Destacan, sobre todo, las obras relativas a la guerra contra la Triple Alianza.
Otra colección adquirida por el Estado fue el acervo del ciudadano Juan Silvano Godoy, la Biblioteca Americana.
Godoy estuvo exiliado por espacio de dieciocho años, radicado en Buenos Aires. Regresó a su patria en abril de 1895, con un acervo personal que fue posteriormente la base del Museo de Bellas Artes, un museo histórico y la Biblioteca Americana de aproximadamente 20.000 volúmenes. Retornó con ellos a Asunción, para dotar a su ciudad natal con una de las más preciadas e imperecederas ofrendas de arte e impresos que paraguayo alguno haya ofrecido a su país.
En 1909 quedó abierto al público el Museo de Bellas Artes de Asunción, que exhibía obras de artistas famosos como Murillo, Tintoretto, Favretto, Rusiñol, Giardi y otros.
La Biblioteca Americana, que superaba en importancia a las que existían con el mismo nombre –en número de cinco- en Buenos Aires, contaba con colecciones únicas de libros, periódicos y diarios antiguos, algunas tan raras que no se conocían más de dos o tres ejemplares completos. Por ley núm. 877, de 27 de enero de 1927, ambas Cámaras Legislativas autorizaron al Poder Ejecutivo a adquirir el Museo Godoy y la Biblioteca Americana. La compra se finiquitó, finalmente, el 9 de agosto de 1939, por un decreto firmado por el presidente Félix Paiva, pasando a ser desde entonces en patrimonio del Estado.
Las últimas colecciones incorporadas son las de Washington Ashwell y la de Julio Rafael Contreras Roque, ambas sobre historia política, económica y social del Paraguay, sumando más de 10 mil nuevos títulos al acervo de la Biblioteca Nacional.
